科学家首创DNA引导CRISPR基因编辑 颠覆RNA引导铁逻辑刊发《自然·生物技术》

说到基因编辑,大部分人第一反应应该是CRISPR-Cas9这套靠着RNA找目标的技术吧。从诞生到现在,RNA引导一直是这个领域默认的铁规则,不管是基础研究还是现在已经进临床的基因治疗,用的都是这套逻辑。

这次不一样,国内科学家搞出了一个全新的方向,首创用DNA来引导CRISPR做基因编辑,研究结果直接发在了顶刊《自然·生物技术》上,一下子打破了这么多年的固有认知。

先给大家捋捋,原来的CRISPR到底是怎么干活的。简单说,这套基因编辑工具就像一把带导航的分子剪刀,原来的导航是RNA,它得先匹配上目标DNA序列,找到要剪的位置,再让Cas蛋白酶动手切。这套方法用了这么多年确实好用,但也有绕不开的毛病。

比如RNA本身特别不稳定,很容易在细胞里被降解,保存和递送的时候都要特别讲究成本也高。还有,RNA特别容易和细胞里本来就有的其他核酸发生非特异性结合,一不小心就剪错地方,也就是大家常说的脱靶效应,这也是很多基因治疗不敢大规模推进的核心风险之一。另外,原来的系统对靶序列的要求也挺严格,有些特定的位点根本没法编辑,应用范围一直受限。

这次新研究换了个思路,既然RNA导航有这些问题,那能不能换DNA来当这个导航?很多人第一反应肯定是,DNA双链这么稳定,自己就结合在一起了,还能去结合目标序列吗?其实之前学界也不是没人想过这个方向,但试了很多次都没成,所以大家才默认只能用RNA,慢慢就变成了没人碰的铁逻辑。

这次科学家团队从天然的CRISPR系统里找到了突破口,他们筛选了很多不同来源的Cas蛋白,发现一种叫CasΦ的蛋白酶,本身结构比较小,结合特性也和常用的Cas9不一样。经过一系列改造和优化之后,他们成功让单链DNA向导能够稳定结合Cas蛋白,还能准确找到目标基因组位点完成切割编辑。

整个过程说起来几句话,实际做的时候踩了不知道多少坑。比如最开始试的时候,DNA向导要么根本没法结合蛋白,要么结合了找不到目标,要么找到了切不动。团队一步步调整DNA向导的长度、化学修饰,再改造Cas蛋白的结合域,前后改了几十版才拿到稳定的编辑效果。

他们做了很多验证,现在这套DNA引导的CRISPR系统,编辑效率和原来RNA引导的差不多,甚至在一些特定位点效率还更高。更关键的是,DNA本身比RNA稳定太多了,保存的时候不用超低温冷冻,室温就能放很久,递送载体的选择也更多,成本一下就能降下来。

另外,脱靶风险这块,目前的实验数据显示,DNA向导的非特异性结合比RNA更少,脱靶率明显比传统的RNA引导系统要低。这对将来的基因治疗来说,可是个天大的好消息,脱靶少意味着安全性更高,不良反应也会更少。

还有一个意外的惊喜,原来RNA引导的CRISPR,对靶序列旁边的PAM序列要求很严格,很多想要编辑的致病突变位点,刚好不符合这个要求,根本没法动。这次新的DNA引导系统,对PAM序列的包容性更强,能编辑的位点范围一下扩大了不少,原来很多没法碰的靶点现在都能编辑了。

现在这个成果刚发出来,就在学界引起了不小的讨论。毕竟这么多年大家都沿着RNA引导的路往前走,突然有人换了条完全不一样的路还走通了,等于给整个基因编辑领域打开了一扇新大门。

有人可能会问,这个新技术离我们普通人的生活远吗?其实一点都不远。现在已经有不少基因治疗药物获批,用来治疗地中海贫血、一些罕见的遗传病还有癌症,但是这些药物目前成本都特别高,普通家庭根本承担不起,很大一部分原因就是RNA原料的生产和保存成本太高。如果将来换成DNA引导的系统,生产成本能降一大截,药物价格也能跟着往下走,让更多人用得起。

在农业育种领域,这个新技术也能用得上。现在我们用CRISPR育种,也是靠RNA引导,操作起来麻烦,成本也高。换成DNA引导之后,操作更简单,稳定性更好,能更快培育出抗病、高产的新品种,说不定过几年市场上的很多新品种,就是用这个技术做出来的。

当然,现在这个技术还处于早期实验室阶段,还有很多工作要做。比如现在只是在细胞层面验证了效果,接下来还要在个体层面做更多验证,还要进一步优化编辑效率,降低脱靶率,解决递送的问题。但不管怎么说,从0到1的这一步已经走出来了,这就是最大的突破。

想想看,当年CRISPR刚出来的时候,也是从一个小小的基础发现,慢慢变成改变整个生命科学领域的工具。这次打破铁规则的新尝试,谁又能说它不会成为下一个改变行业的技术呢。起码现在,我们已经有了一个全新的方向,不用再跟着国外已经跑通的RNA路线继续挤独木桥了,自己蹚出了一条新路。

对我们普通读者来说,不用太纠结那些复杂的分子细节,只要知道这一件事就行:我们的科学家在基因编辑这个核心领域,做了一个从0到1的原创突破,把原来不可能的事变成了可能,接下来就等着它慢慢落地,改变我们的生活了。

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[Q]:这次新研究对传统CRISPR技术做了什么颠覆?
[A]:传统CRISPR基因编辑一直以RNA作为引导导航,此次我国科学家首创以DNA作为引导的CRISPR基因编辑系统,打破了领域内RNA引导的固有铁规则。
[Q]:这项研究成果刊发在哪里?
[A]:这项首创性的研究成果刊发在了顶级学术期刊《自然·生物技术》上。
[Q]:传统RNA引导CRISPR有哪些缺点?
[A]:传统RNA引导的CRISPR,RNA本身不稳定,保存、递送成本高,还容易发生非特异性结合导致脱靶风险高,对靶序列要求严格,很多位点无法编辑。
[Q]:为什么之前没人做成DNA引导CRISPR?
[A]:此前学界虽然有过相关猜想,但多次试验都没能成功,因此RNA引导逐渐成为行业默认的铁规则,很少有人再尝试这个方向。
[Q]:DNA引导CRISPR比传统技术好在哪里?
[A]:DNA本身稳定性更强,室温即可保存,能大幅降低生产保存成本;同时DNA向导非特异性结合更少,脱靶率更低,对靶序列的包容性更强,可编辑的位点范围更大。
[Q]:这项新技术能用在哪些领域?
[A]:它可以应用在基因治疗领域,降低基因治疗药物的成本、提升安全性,还可以应用在农业育种领域,帮助更快培育优良作物品种。
[Q]:DNA引导CRISPR现在已经可以临床应用了吗?
[A]:目前该技术还处于早期实验室阶段,仅完成了细胞层面的效果验证,还需要更多后续研究优化技术、验证安全性,距离大规模临床应用还有一段距离。
[Q]:这项研究的最大意义是什么?
[A]:这是基因编辑领域一次从0到1的原创突破,给整个领域打开了新的发展方向,摆脱了一直跟随国外RNA路线的发展思路,蹚出了一条全新的技术路径。

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